MARS PADMANABA

Kita Putra - Putri SMA 3 Yogyakarta
Yang s'lalu bersuka cita dan bergembira
Kawanku marilah berseru bersama
Memuji meninggikan nama sekolah kita

Hiduplah hidup sekolahku
hidup guru putra-putrimu
yang serta berjuang maju
Bertenaga berjiwa satu
'Ni barisan kita seksama
Berbudi Satria dan Perwira
Bersiap dan bersedia
'kan berjuang bersama
Bagi Nusa dan Bangsa

Kita yang bersemangat satria
Putra Nusantara Sejati
Insyaf akan semboyan pemuda
'kan memikul masyarakat nanti

Wahai tinggi sekolah kita
yang bergelarkan Padmanaba
Mari handai taulanku
berserulah semua
hidup sekolah kita

Kitalah siswa SMA 3
Slalu riang gembira
Giat bekerja bersama-sama
Tuk sekolah nusa bangsa
Bersama-sama tuk mengabdi
Pada Ibu Pertiwi
Sebagai Perwira Sejati rela berbakti

SMA hidup sekolahku
Hidup guru putra-putrimu
Dengan Padmanaba lambangmu
kan kujunjung namamu
kau tempatku menuntut ilmu
Suka duka bersamamu
akan kuingat selalu SMA sekolahku